En el terreno de la organización, el órgano supremo de ZABALDI es la Asamblea General, que se reúne una vez al año para adoptar las líneas generales de actuación y planes de trabajo.

A partir de ahí, existe una Coordinadora mensual en la que participan todos los grupos de ZABALDI y, para la gestión más directa, está la Comisión permanente, que se reúne semanalmente. Se cuenta asimismo con una persona contratada para realizar las tareas de administración y coordinación general.
Existen también dentro de ZABALDI diferentes Comisiones de trabajo, todas las cuales tienen completa autonomía dentro de su ámbito de actuación:
- Formación: dirigida a los miembros de los grupos de ZABALDI y otros _colectivos: formación básica, formación para formador@s, talleres de _conducción de reuniones, etc.
- Euskara: cuyo objetivo es colaborar en la normalización del uso del euskara en _ZABALDI, así como realizar charlas, talleres, exposiciones, visitas guiadas, _etc..., en este idioma.
- Centro de Documentación: para poner a disposición de los grupos de ZABALDI _y otros su fondo bibliográfico, así como revistas y publicaciones _especializadas, dossieres, etc.
- Intercultural: cuyo fin es hacer presente en ZABALDI las distintas culturas _existentes en nuestra sociedad por medio de exposiciones, vídeos, _actuaciones musicales, cuentacuentos,...
-Además de lo anterior, los grupos de Zabaldi y los colectivos y plataformas _antes mencionados, utilizan libremente los locales para la realización de todo _tipo de actividades: reuniones, asambleas, cursos, exposiciones, vídeos, _fiestas,...-
En cuanto a los ingresos de ZABALDI , éstos proceden de las aportaciones
de sus grupos, de las cuotas de sus soci@s (más de un centenar, ¡pero
necesitamos más!), de las actividades de autofinanciación realizadas
y de las subvenciones recibidas. A estos efectos, el porcentaje de ingresos
propios (aportaciones grupos+soci@s+autofinanciación) viene a ser el
70%-75% del total, lo cual nos da un gran nivel de independencia con respecto
a las instituciones, objetivo éste esencial para ZABALDI.